论文摘要
支气管肺泡灌洗液(Bronchoalveolar lavage fluid,BALF)培养虽然费时,但它是检测重症下呼吸道感染(Lower Respiratory Tract, LRT)病原体的标准方法。BAL培养的敏感性较低,且经验性抗生素治疗后会进一步降低检测敏感性,导致抗生素过度使用。Unyvero LRT BAL平台(Curetis GmbH,德国)是一种可以在4.5 h内检测BALF中19种细菌、10种抗生素耐药标志物、1种真菌(耶氏肺孢子菌)的多重分子检测平台。该研究评估了美国11个临床试验中心1016例前瞻性收集的BALF样本和392例之前保存的标本在Unyvero平台的检测性能。总体上,该方法与常规培养方法的阳性和阴性一致率分别为93.4%和98.3%,此外Unyvero还在21.7%的前瞻性标本中检出潜在病原菌。该方法检测耶氏肺孢子菌与标准方法的阳性符合率为87.5%。抗生素耐药标志物与标准药敏试验结果比较来确定阳性预测值(Positive predictive values,PPVs)。根据不同微生物和特定耐药标志物,PPVs范围在80%-100%。综上,Unyvero LRT BAL平台能准确检测细菌性肺炎的常见病原体和耶氏肺孢子菌,其敏感性高和检测耗时短的优点对临床合理使用抗生素具有重要意义。
表1.Unyvero LRT BAL平台表
2.前瞻性研究组中的标准培养方法和Unyvero的结果比较
3.前瞻性研究组中标准培养方法和Unyvero的微生物阳性率及数量表
4.Unyvero和标准培养方法的检测性能比较
表5(原文中表7). 抗生素耐药基因检测
讨论
BALF是诊断下呼吸道感染非常好的标本,然而培养阳性率较低,尤其是经验性抗生素治疗后。本研究评估了Unyvero LRT BAL平台检测19种细菌、1种真菌和10种抗生素耐药基因的性能。和标准培养方法(SoC)结果相比,总的阳性一致性百分比(PPA)和阴性一致性百分比(NPA)分别为93.4%和98.3%。在21.7%的前瞻性留取的标本中,Unyvero检测到病原体而标准培养方法报告未检出。Unyvero比SoC检出更多的样本存在多种微生物。培养联合分子检测可能会比单独培养方法提供更多有价值的信息。
分子方法可检出典型的可培养微生物,但是非培养方法可能检测到无活力的微生物,包括那些用抗生素治疗后的微生物。然而基于培养的方法更倾向生长最快或最占优势的微生物,可能仅报告呼吸道或口咽部菌群,而漏检了被过度生长菌掩盖的病原体。传统培养方法与分子方法相比,更可能受标本运输或储存条件的影响。对来自呼吸道的标本,无论是培养方法还是分子检测,如何区分定植菌、污染菌与致病菌都具有挑战性,尤其是对于气管插管患者,Unyvero和SoC一样也面临同样的困难。定量检测对Unyvero是个挑战,目前其应用程序还不能定量,不过量化的培养结果报告为CFU/ml也有争议。结果应该定量还是定性对临床的意义尚未明确。尽管Unyvero检测平台未覆盖的一些病原体和耐药标记物可能被漏检,但是Unyvero仍可以比标准培养提前数天对所有常见病原菌和耐药标志物提供有价值的信息,并可对标准培养可能漏检的潜在病原体进行鉴定。
在这项研究中,Unyvero还检测到了嗜肺军团菌、肺炎支原体和耶氏肺孢子菌。核酸扩增是检测耶氏肺孢子菌的推荐方法,Unyvero是唯一获得FDA批准的。在前瞻性研究中检测耶氏肺孢子菌的PPA和NPA分别为100.0%(5/5)和99.0% (99/100)。Unyvero可检出仅常规进行标准培养而未能检出的耶氏肺孢子菌,这对非艾滋病患者样本的检测非常重要。对这类患者耶氏肺孢子菌肺炎很少被考虑到,但Unyvero可检测耶氏肺孢子菌,这对很难确定病因的患者可能是有益的。
Unyvero还可检测抗生素耐药基因(如blaKPC、blaNDM、blaVIM和blaOXA-48等),对革兰阴性杆菌,Unyvero结果与相应分离株的基因型和表型相关性很强。耐药基因的报告可能为存在潜在的耐药微生物提供线索,这对感染预防控制有重要的意义。
总的来说,早期检出病原体和正确选择抗生素对肺炎的治疗至关重要。Unyvero LRT BAL平台提供精准的检测,可检测BAL中的19种细菌、耶氏肺孢子菌和10种抗生素耐药基因。Unyvero虽不能区分定植或感染,但为临床医生在治疗选择上提供了更多有价值的信息。另外,耐药基因的分子检测可能会改变对病人的管理模式,并可能改善预后,例如减少抗生素治疗时间,缩短重症监护病房入住时间,并降低死亡率等。
参考文献
Matthias K, Johannes B, Sandra B, et al. Multicenter evaluation of the Unyvero platform for testing bronchoalveolar lavage fluid. J Clin Microbiol, 2021, 59(3): e02497-20.
原文链接:
https://journals.asm.org/doi/10.1128/JCM.02497-20
作者|孙奎霞、黄磊(北京大学第一医院检验科)
审校|马立艳(北京友谊医院检验科)