李亚珍
深圳市人民医院
引言
成人重症社区获得性肺炎（SCAP）死亡率高达34%~50%，明确病原学是能否治疗成功的关键要素。2020年中华医学杂志发布了《重症社区获得性肺炎病原微生物实验室诊断专家共识》，为临床医生选择实验室检查提供了指引。
检查原则
临床拟诊SCAP的病原学可划分为三大类，急性细菌感染、病毒感染及结核、非结核、真菌等特殊病原体感染，其中流感病毒、腺病毒、军团菌、肺炎链球菌及结核分枝杆菌等是目前中国人群SCAP的重要病原体。共识提倡在临床拟诊（临床表现、影像学及常规实验室检查）基础上，分层级选择病原学诊断技术，优先推荐快速、特异、敏感及经济的抗原及核酸筛查技术 。
检查流程
标本要求
可用于病原学诊断的标本包括用于培养的血液、痰液、用于抗原检测的尿液、用于血清学检测的血液、胸腔积液、呼吸道抽吸物、BALF、细针穿刺组织、鼻咽拭子等。口咽及鼻咽拭子、深部咳痰、BALF及气管冲洗液等标本建议立即送检，或4 ℃保存24 h内送至实验室；-80℃可延长保存时间，需避免反复冻融。BALF的形态学检查需离心涂片，培养需定量接种。肺组织标本应该进行研磨处理。尿标本及CSF应于24 h内检测，否则应放置2~8 ℃冰箱，冷冻14 d 有效。
结果解读
1. 痰标本：需要判断标本是否合格 （100×目镜下，白细胞>25个，上皮细胞<10个），注意细菌形态特点、染色性及白细胞浸润情况；需排除定植与污染微生物，如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、肠杆菌科细菌、非发酵菌、真菌等。
2. 核酸检测：高通量呼吸道病原体检测：可用于细菌、病毒及真菌检测，多重PCR多为定性检测，实时荧光定量PCR可用于诊断及疗效评估。
GeneXpert技术：对疑似结核感染的患者其敏感度为88%，特异度为98%。对痰涂片阳性患者阳性率99%~100%，痰涂片阴性患者阳性率57%~83%。其结果可直接确诊，报告高、中、低、非常低及未检测到，分别代表 Ct<16、16≤Ct<22、22≤Ct<28、Ct≧28及阴性。
宏基因组测序：其结果应包含序列数、基因组的覆盖率、深度及丰度，序列数为被检测到的该微生物特异序列数目，序列数越高，表明检测标本中该微生物核酸越多。
3. 培养：标本需要迅速接种，怀疑不同的细菌可选择不同培养基。
4. 真菌抗原：G试验、GM试验均可以出现假阳性及假阴性，其诊断准确性与设定的临界值密切相关，BALF比血更有意义。半乳甘露聚糖可以被中性粒细胞清除，对于中性粒细胞减少的患者和未接受预防治疗的患者GM试验更有意义。
5. 鼻咽、口咽拭子解剖上不在肺部，仅用于病毒检测，阳性并不意味着必然是肺部感染，核酸或抗原检查阳性也不意味着必然是完整病毒体或活病毒。结果解读要密切结合临床资料，如流感病毒及其他呼吸道病毒肺炎多好发于冬季，肺炎链球菌及结核分枝杆菌肺炎多发于冬春季，嗜肺军团菌肺炎多见于夏秋季男性嗜酒患者；肺炎支原体感染多见于青年人，免疫功能低下患者易感染耶氏肺孢子菌与真菌等；部分特定病原菌呈区域流行性，如荚膜组织胞浆菌、粗球孢子菌和皮炎芽生菌流行于美洲大陆，肺包虫流行于中国新疆。标本类型及经验用药效果对结果解释也有重要参考价值。
参考文献：略
