研究课题
应用Oxford Nanopore三代测序仪快速鉴定细菌性呼吸系统感染病原及耐药基因
icon 2018年10月26日
icon 中日友好医院
icon 纳米孔测序
icon 3428

本研究为单中心、前瞻性对照研究。

研究进度:病例入组阶段。

 

细菌是导致社区获得性肺炎(CAP)、院内获得性肺炎(HAP)、慢性阻塞性肺病急性加重(AECOPD)、支气管扩张急性加重等疾病的重要病原。细菌病原的鉴定依然依赖传统的培养方法来鉴别,大体上需要24~48小时,如果算上药敏实验,则需要72~96小时,极大的限制了抗生素的针对性治疗,导致不合理的抗生素使用和高阶抗生素的滥用。

 

纳米孔测序平台是最新一代的单分子实时测序平台,其具有实时性,读长长,速度快,操作简单便携的特点,为细菌性呼吸系统感染提供快速准确的病原鉴定与耐药组分析。目前,国外已有研究单位利用Nanopore测序仪实现了6h细菌检测的研究,其准确率可达到98%以上。中日医院联合江苏先声诊断有限公司,通过前瞻性收集细菌性呼吸感染患者痰液或肺泡灌洗液(BALF)样本,构建基于Nanopor的快速实时准确的细菌分子诊断技术平台,并与传统微生物检测方法进行比较,验证其一致性和特异性。利用Nanopore的测序数据分析样本中的耐药基因,观察耐药基因与药敏表型之间的关系。通过构建一系列基于纳米孔的细菌性病原检测流程和技术解决方案,以期突破传统微生物培养方法检测的局限性,给临床细菌性呼吸道感染诊疗提供快速检测方法。

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