首都医科大学附属北京朝阳医院感染和临床微生物科成立于2006年，该科室是国内实现临床感染病学与微生物检验共同建设发展的先行单位，是国家卫生健康委员会“细菌真菌感染诊治培训项目（培元计划）”的全国基地之一。

感染和临床微生物科自成立以来致力于各种感染性疾病的病原学诊断、治疗和预防的工作，力争成为临床、检验、科研、教学综合发展的科室。科室重点关注呼吸道感染性疾病的临床诊疗、病原学诊断，并参与多项相关课题研究。科室近年收治大量细菌、真菌和病毒等感染引起的各种急、慢性呼吸道感染患者，尤其在呼吸道感染危重症积累大量临床经验。同时承担及参与了科技部“十一五“、”十二五“、“十三五”传染病重大专项子课题、国家科技支撑计划子课题、北京市科委、中国中医科学院等科研院所组织资助的关于呼吸道感染的科研课题。

感染科现有在职人员19人，临床医师18人，研究医师1人，主任医师1名，副主任医师4名。其中博士后3人，博士学位14人。微生物实验室临床微生物检验技师9人，助理研究员5人，其中博士学位4人。专科护理人员22人。