南京市第一医院感染科是一个以感染病学为依托，融合临床微生物学、临床药理学、分子生物学等为一体的学科，是南京市重点专科。感染科病房目前共有床位34张，实际床位使用率为110％左右。除病区外，还设立感染、肝病、发热、腹泻等四个专病门诊，全年诊治门诊患者超过两万人次。此外还担负外院及本院各病区疑难发热、抗菌药物指导方面的会诊工作，每年院内会诊数超过1000人次。目前已经建立了多个感染性疾病相关亚专科，包括疑难感染病与发热待查、医院感染与防控、肺外结核诊治、中枢神经系统感染、重症感染、感染病虚拟病房、医联体病房等。以各类“热病”、危重复杂感染为重点发展方向，在不明原因发热和新发感染性疾病的诊治、中枢神经系统感染及真菌感染诊治等方面具有丰富的临床经验。同时设有独立的感染科临床微生物实验室，充分发挥临床与实验室相结合的优势，为临床疑难病例诊断及感染科研提供支持。

感染科在关注感染性疾病诊疗同时还承担了医院感染管理控制工作，依托于杏林信息软件建立了全方位多层次的医院感染监控及抗菌药物管控平台，在全院感染病临床诊治，多重耐药菌管控以及抗菌药物应用指导等工作中发挥着积极的作用。

感染科重视教学科研，多年来取得了优良的成绩，科室承担南京医科大学七年制的感染病学教学任务，是南京医科大学感染病专业硕士授予点，硕士生导师1人。同时科室还承担了南医大、东南大学、安徽医科大学、南京中医药大学等实习教学任务，感染科也是首批卫生部住院医师规范化培训基地，同时是全科医学规范化培训基地，常年培训指导住院规培轮转医师。近年来通过不断努力，科室的科研、技术有了较大的发展，先后主持国家级、省市级科研课题10项，累积科研经费近百万元，近5年在SCI杂志和统计源刊物发表论文二十余余篇，获得卫生厅科技成果二等奖以及院科技进步二等奖等奖项，申请国家专利两项；学科是首批SFDA批准的药物临床试验机构（感染专业），承担了包括多立培南、阿莫西林克拉维酸钾和注射用布洛芬等多项国际、国内多中心临床药物试验项目。

目前感染科共有医务人员25名，其中医生9名，护士16名，拥有主任医师2名，副主任医师1名，主治医师3名，住院医师3名，其中博士2名，硕士6名，多人在省市感染专业学会任职。科室氛围温馨和谐， 秉持“团结奉献 求实进取”的院训精神，坚持“病人第一，质量第一”的医疗服务原则，在注重医术的同时注重对医务人员的医德教育，多次受到患者的赞誉。