第一作者：任丽丽 ¹, 王业明 ^2,3, 吴志强 ⁴, 相子春 ¹, 郭丽 ¹, 许腾 ⁵,   江永忠 ⁶, 熊燕 ⁷

通讯作者：秦川 ⁸, 金奇 ⁴, 曹彬 ^2,3, 王健伟 ¹

1 中国医学科学院北京协和医学院病原生物学研究所，中国医学科学院病原生物学研究所，国立卫生研究院病原体系统生物学国家重点实验室和克里斯托弗·梅里埃实验室，北京 100730；

2 中日友好医院国家呼吸疾病临床研究中心呼吸内科，急诊医学科，北京 100029；

3 北京协和医学院中国医学科学院呼吸医学研究所，北京 100029

4 中国医学科学院北京协和医学院病原生物学研究所，国立卫生研究院病原微生物系统生物学国家重点实验室，北京 100730；

5 视觉医疗有限公司，广东广州 510000；

6 湖北省疾病预防控制中心，湖北武汉 430079；

7 武汉市疾病预防控制中心，湖北武汉 430022；

8 中国医学科学院北京协和医学院实验动物科学研究所，北京 100021；

摘要

背景：人类感染人畜共患型冠状病毒（CoV），包括严重的急性呼吸综合症（SARS）-CoV 和中东呼吸综合症（MERS）-CoV，引起了全球公众的极大关注。 在这里，我们报告了一种新的蝙蝠起源的冠状病毒，会导致人类严重和致命的肺炎。

方法：我们从湖北省武汉市金银潭医院收集了 5 例重症肺炎患者的临床资料和支气管肺泡灌洗（BAL）标本。 提取 BAL 的核酸并进行下一代测序。进行了病毒分离，并构建了最大似然系统树。

结果：2019 年 12 月 18 日至 12 月 29 日住院的 5 例患者出现发烧，咳嗽和呼吸困难，并伴有急性呼吸窘迫综合征的并发症。胸部 X 线摄片显示弥漫性浸润性病灶。其中一名患者死亡。序列结果显示所有五名患者中均存在先前未知的β-CoV 毒株，分离株之间的核苷酸同源性为 99.8%–99.9%。这些分离物显示出与 SARS-CoV 序列（GenBank NC_004718）具有 79.0% 的核苷酸同源性，并且与 MERS-CoV 序列（GenBank NC_019843）具有 51.8% 的同源性。该病毒在系统发育上最接近蝙蝠 SARS 样冠状病毒（SL-ZC45，GenBank MG772933），具有 87.6%–87.7% 的核苷酸同源性，但处于单独的进化支中。而且，这些病毒具有单个完整的开放阅读框基因编码 8，作为蝙蝠起源的 CoVs 进一步指标。但是，暂定受体结合结构域的氨基酸序列与 SARS-CoV 相似，表明这些病毒可能使用相同的受体。

结论：鉴定出一种新型蝙蝠传播的冠状病毒，与人类严重和致命的呼吸道疾病有关。 

关键字：蝙蝠起源；冠状病毒；人畜共患病的传播；肺炎; 病因学; 下一代测序

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